Diversité
Les populations d'hôtes comportent une diversité génétique, avec des souches plus abondantes que d'autres. On pourrait penser que les souches les plus abondantes dans une efflorescence planctonique finissent par la dominer et conduire à une uniformisation génétique. Les virus, en détruisant sélectivement les différentes souches et en particulier les plus abondantes (car celles-ci produisent le plus de virus à travers leur lyse), vont conduire au maintien de la diversité génétique, qui va en outre fluctuer au cours du temps en fonction de l'attaque de telle ou telle souche par les virus. Ainsi les virus deviennent des agents de maintien de la biodiversité !
Les coccolithophores sont de petits organismes planctoniques eucaryotes pouvant être extrêmement abondants lors d'événements d'efflorescence de si grande ampleur qu'ils sont visibles par satellite. Ces coccolithophores sont infectés par des virus qui, à travers la lyse sélective de certaines souches, agissent sur le maintien de la diversité génétique au sein de leurs populations, notamment pendant les efflorescences. |  Efflorescence de l'algue Emilana huxlei au large des Cornouailles. À partir d'une image de STEVE GROOM, © LANDSAT 7, PLYMOUTH MARINE LABORATORY |
Les virus exercent des effets multiples sur leur hôtes, en plus de la lyse sélective évoquée plus haut : agents de transfert de gènes pouvant conduire à des modifications du métabolisme, induction de la transformation phénotypique de certains hôtes qui cherchent à devenir "invisibles" aux virus comme les coccolithophores qui perdent leurs écailles (c'est l'effet "Chat de Cheshire"*). En effet, ces coccolithophores peuvent passer d'un stade diploïde comportant des écailles, sensible au virus, à un stade haploïde mobile et sans écailles que les virus ne peuvent infecter. Les hôtes sont ainsi toujours là mais "invisibles" aux virus.
*qui dans Alice au pays des merveilles de Lewis Caroll, le Chat de Cheshire peut disparaître complètement, hormis son sourire.
