Transfert de gènes
Processus de transfert de gènes
Il existe de nombreux exemples de transferts de gènes impliquant les virus : entre virus et hôte, entre virus et d'autres sources (bactéries, eucaryotes, ...), et même entre virus et virus.
Arbres phylogénétiques
On peut mettre en évidence les transferts de gènes à travers l'élaboration d'arbres de l'évolution (phylogénies[1]) des gènes concernés, qui dans le cas de transfert aboutissent à des résultats surprenants. Imaginez qu'un virus vous ait transmis un gène de carotte, et bien comparer ce gène à d'autres gènes homologues (les « mêmes » gènes) dans l'arbre du vivant vous placerait parmi les carottes, alors que vous n'êtes normalement pas un légume ! C'est ce genre d'incongruité qui permet de détecter les transferts latéraux de gènes. C'est l'objet du travail pratique de ce module.
Phylogénies de quatre gènes impliqués dans un processus métabolique présent chez le virus EhV et son hôte Emiliania huxleyi. En plus de celles du virus et de son hôte (en rouge), les séquences d'ADN qui ont servi à élaborer ces arbres proviennent de gènes homologues chez différents organismes procaryotes et eucaryotes. Les transferts de gènes entre hôtes et virus sont bien visibles quand les séquences correspondantes sont associées dans l'arbre phylogénétique (petites accolades rouges). |  Figure issue de Monier, A., Pagarete, A., de Vargas, C., Allen, M. J., Read, B., Claverie, J.-M., & Ogata, H. (2009). Horizontal gene transfer of an entire metabolic pathway between a eukaryotic alga and its DNA virus. Genome Research, 19(8), 1441–1449. doi:10.1101/gr.091686.109 |
