Évolution
La diversité génétique est le carburant de l'évolution, qui se fait essentiellement par la sélection de certains génotypes au cours du temps, sélection qui implique une l'existence d'une diversité de génotypes chez les hôtes. Ainsi, le mécanisme décrit ci-dessus fait également des virus des agents de l'évolution de leurs hôtes.
Il existe un autre processus conduisant les virus à contribuer à l'évolution de leurs hôtes, donc à la modification de leur patrimoine génétique au cours du temps. Les mécanismes d'infection virale, dans lesquels les virus peuvent « voler » à leurs hôtes des morceaux d'ADN, pour éventuellement les intégrer au génome d'autres hôtes via un cycle lysogénique, en font des agents de transferts de gènes (voir rubrique correspondante). Les virus modifient ici directement le génome de leurs hôtes, et non indirectement via la sélection de génotypes différents. De cette façon, des gènes peuvent passer entre des espèces différentes, de proche en proche ou directement. Des gènes peuvent aussi être transférés entre virus, pendant des événements de co-infection (infection simultanée d'une même cellule hôte par des virus différents, dont les descendants peuvent intégrer les gènes des différentes souches). C'est comme ça qu'est apparue la fameuse souche de grippe H1N1 ! Il existe de nombreux exemples parmi les virus de microalgues marines. La Nature passe son temps à fabriquer des OGM !
